公司因疫情订单减少效益减低为由，开始两天开工一天休息,休息没工资。这样是否合法。

肯定不合法 ，根据劳动合同法的规定，占用员工休息时间，而不是工作时间，严格来说肯定算是加班。
有下列情形之一的，用人单位应当按照下列标准支付高于劳动者正常工作时间工资的工资报酬：
（一）安排劳动者延长工作时间的，支付不低于工资的百分之一百五十的工资报酬；
（二）休息日安排劳动者工作又不能安排补休的，支付不低于工资的百分之二百的工资报酬；
（三）法定休假日安排劳动者工作的，支付不低于工资的百分之三百的工资报酬。
没给你加班工资，那以理由扣你钱

您的情况也比较特殊，带上资料约律师细聊建议当面商议一下，文字表述感觉不是很清晰